요한교회는 고대 서아시아 7대 교회 중 하나이다. 복음 전도에 주력하다가 예루살렘에서 추방당한 사도 요한이 성모 마리아를 돌보며 이곳에서 말년을 보낸 속이다. 사도 요한은 도미타안 황제 때에 로마로 끌려가 고문을 당항고 지중해 연안의 밧모 섬으로 유배되어 대리석을 채취하는 중노동을 하면서 요한 계시록을 쓰게 된다. 그 후 도미티안 황제가 피살되자 유배에서 풀려나 에베소로 돌아와 이곳에서 요한복음과 게시록을 썼다. 비잔틴 제국 시대에 그의 전도를 기리고자 그의 무덤이 있는 자리에 사도 요한 교회를 세우게 되었단다. 그의 시신은 로마 교황청으로 옮겨지고 현재는 빈터만 남아있지만 그래도 무덤자리는 표시되어 있었다.
요한교회에 도달하면 박해의 문을 먼저 통과하게 되는데 에페수스 원형극장에서 야수의 먹이로 바쳐진 기독교인들의 한이 서려서인지 기독교가 공인되자 박해를 당했던 경기장의 대리석들을 부수어 박해의 문을 지었다한다.
